Table 1 High-throughput genomic studies of HNSCC. The most frequently altered genes described in seven studies are shown, separated by HPV status when possible

HPV-

HPV-

N/A (NPC)

N/A (Tongue)

N/A (OSCC)

HPV-

N/A

n = 243

n = 69

n = 128

n = 34 (YT 16, OT 28)

n = 35-40

n = 63

n = 28

TP53 (84 %, M)

TP53 (81 %, M)

TP53 (17 %, M/D)

TP53 (94 %, 57 %, M)

CDKN2A (74 %, D)

TP53 (73 %, M)

TP53 (79 %, M)

CDKN2A (57 %, M/D)

CDKN2A (33, M/D)

CDKN2A/B (13 %, M/D)

CSMD1 (25 %, 75 %, D)

TP53 (66 %, M)

CDKN2A (25 %, M/D^c)

NOTCH1 (14 %, M)

let-7c (40 %, miRNA)

MDM2 (16 %, A)

ARID1A (11 %, M/D)

PIK3CA (0 %, 11 %, M); (30 %, 70 %, A)

FAT1 (46 %, M/D)

SYNE1 (22 %, M)

RELN (14 %, M)

PIK3CA (34 %, M/A)

MLL2 (16 %, M)

SYNE1 (8 %, M)

CDKN2A (6 %, 4 %, M); (55 %, 65 %, D)

TP63 (26 %, A)

CCND1 (22 %, A^c)

SYNE1 (14 %, M)

FADD (32 %, A)

NOTCH 1 (16 %, M)

ATG13 (6 %, M/D)

FADD/CCND1 (40 %, 65 %, A)

CCND1 (23 %, A)

MUC16 (19 %, M)

EPHA7 (11 %, M)

FAT1 (32 %, M/D)

CCND1 (13 %, A)

MLL2 (6 %, M)

FAT1 (6 %, 25 %, M); (50 %, 35 %, D)

MAML1 (23 %, D)

USH2A (18 %, M)

FLG (11 %, M)

CCND1 (31 %, A)

PIK3CA (13 %, M)

PIK3CA (6 %, M/A)

EGFR (20 %, 50 %, A)

EGFR (17 %, A)

FAT1 (14 %, M)

HRAS (11 %, M)

NOTCH1/2/3 (29 %, M/D)

PIK3CB (13 %, M/A)

CCND1 (4 %, A)

NOTCH1 (25 %, 18 %, M)

TNK2 (17 %, A)

LRP1B (14 %, M)

PIK3AP1 (11 %, M)

TP63 (19 %, A)

UBR5 (13 %, M/D)

NOTCH3 (4 %, M)

HLA-A (0 %, 14 %, M)

AKT1 (14 %, A)

ZFHX4 (14 %, M)

RIMBP2 (11 %, M)

EGFR (15 %, M/A)

EGFR (12 %, A)

FGFR2 (4 %, M)

CASP8 (6 %, 11 %, M)

SRC (14 %, A)

NOTCH1 (13 %, M)

SI (11 %, M)

HPV+

HPV+

HPV+

HPV+

n = 36

n = 51

n = 11

n = 4

E6/7 (100 %)

E6/7 (100 %)

E6/E7 (100 %)

E6/E7 (100 %)

PIK3CA (56 %, M/A)

PIK3CA (22 %, M)

PIK3CA (27 %, M)

EPHB3 (25 %, M)

TP63 (28 %, A)

TP63 (16 %, M/A)

RUFY1 (18 %, M)

UNC5D (25 %, M)

TRAF3 (22 %, M/D)

PIK3CB (13 %, M/A)

EZH2 (18 %, M)

NLRP12 (25 %, M)

E2F1 (19 %, A)

FGFR3 (14 %, M)

CDH10 (18 %, M)

PIK3CA (25 %, M)

let-7c (17 %, miRNA)

NF1/2 (12 %, M)

THSD7A (18 %, M)

TM7SF3 (25 %, M)

NOTCH1/3 (17 %, M)

SOX2 (12 %, A)

FAT4 (18 %, M)

ENPP1 (25 %, M)

FGFR3 (11 %, F/M)

ATM (10 %, D)

KMT2D (18 %, M)

NRXN3 (25 %, M)

HLA-A/B (11 %, M/D)

FLG (12 %, M)

ZNF676 (18 %, M)

MICAL2 (25 %, M)

EGFR (6 %, M)

MLL3 (10 %, M)

MUC16 (18 %, M)